Świątynia ma duże historyczne znaczenie dla chrześcijan, dlatego taka decyzja władz miasta wzbudza olbrzymie kontrowersje. Świątynia, która powstała za czasów Justyniana Wielkiego, w 787 r. była miejscem ostatniego soboru powszechnego, uznawanego przez chrześcijan Wschodu i Zachodu. Przedmiotem debaty była wówczas kwestia rozrastającego się ruchu ikonoklastów oraz odpowiedź na pytanie, czy święte obrazy mogą być przedmiotem adoracji.
Był to ostatni sobór przed odłączeniem się Kościoła prawosławnego od Rzymu. Bł. Jan Paweł II mówił, że sobór ten dał nowy impuls rozwoju ikonografii i sztuki sakralnej na Wschodzie i na Zachodzie.
W Nicei odbył się też w 325 roku pierwszy sobór powszechny. Uchwalono wtedy dogmat o boskości Chrystusa i ustalono obowiązujące do dziś wyznanie wiary tzw. "Credo nicejskie".
W 1331 roku Niceę zdobył syn Osmana, Orhan Gazi. Kościół został zamieniony na meczet Aya Sofya. Po pożarze w połowie XVI w. świątynia została odbudowana. Pod koniec istnienia imperium osmańskiego, podczas walk niepodległościowych w latach 20. ub. wieku, świątynia został niemal doszczętnie zniszczona. Pomimo wielokrotnie wznawianych próśb o utworzenie w budynku muzeum, władze odnowiły go i przekazały muzułmanom. 2 listopada 2011 roku ponownie zabrzmiał tutaj głos muezzina nawołującego muzułmanów do modlitwy.
{jumi[*6]}
