Do końca 2016 r. Muzeum było w posiadaniu Fundacji XX. Czartoryskich, kiedy to cała kolekcja została przekazana Państwu Polskiemu. Niewiele jednak osób zdaje sobie sprawę, że to Czartoryscy zbudowali pierwsze w Polsce muzeum.
Mimo, że muzeum obecnie znajduje się w Krakowie, to zostało założone przez księżną Izabelę Czartoryską w Puławach.
W roku 1795, nastąpił trzeci rozbiór, wykreślający Polskę z mapy Europy, który przekreślił szlachetne marzenia oświeceniowych głów o nowoczesnej Polsce. By zachować dla przyszłych pokoleń pamięć o Polsce, w Puławach, księżna Izabela Czartoryska zaczęła gromadzić pamiątki rodzinne Sieniawskich, Lubomirskich i Czartoryskich. Znalazły się tu też pamiątki po wielkich Polakach, np. po księciu Józefie Poniatowskim i Tadeuszu Kościuszce oraz umieszczone w specjalnych urnach relikwie króla Bolesława Chrobrego oraz Jana Kochanowskiego i Mikołaja Kopernika, które miały przypominać po rozbiorach Polski pełną chwały przeszłość narodową. Świątynię Sybilli, budynek wzorowany na rzymskiej świątyni w Tybur, otworzono w 1801 r., było to pierwsze polskie muzeum. Od samego początku swojego istnienia, zgodnie z wolą księżnej Izabeli, muzeum miało charakter narodowy. Muzeum miało zachować dla przyszłych pokoleń skarby kultury i sztuki. Dowodem na to jest napis na nad wejściem – „Przeszłość Przyszłości”.
Kilka lat później, w roku 1809, otworzono w Puławach drugi budynek muzealny - Dom Gotycki, wzniesiony podobnie jak Świątynia Pamięci przez Chrystiana Piotra Aignera. Wystawione tam zostały liczne pamiątki wiązane, często legendarnie, z ważnymi postaciami europejskiej historii i kultury. Szereg pamiątek przysłali do Puław cudzoziemcy, doceniając w ten sposób przedsięwzięcie muzealne Izabeli Czartoryskiej. W Domu Gotyckim było też wiele obrazów, głównie portretów, a pośród nich trzy arcydzieła malarstwa, jakich nie znaleźlibyśmy w żadnej innej polskiej kolekcji: „Portret młodzieńca” – Rafaela Santi, „Dama z gronostajem” Leonarda da Vinci i „Krajobraz z miłosiernym Samarytaninem" Rembrandta van Rijna.
W czasie powstania listopadowego dobra Czartoryskich zostały skonfiskowane przez cara, zbiory muzealne i biblioteczne udało się jednak szczęśliwie uratować wywożąc je z Puław do Sieniawy, skąd później zostały przewiezione do Francji.
Tam jednak nie pozostały długo, i z uwagi na komunistyczną zawieruchę, Władysław Czartoryski przywiózł je na teren Polski, do zaboru austriackiego, gdzie rodzina Czartoryskich posiadała swój majątek. W ten sposób Muzeum Książąt Czartoryskich znalazło swoje miejsce w Krakowie.
W wyniku zmian ustrojowych w Polsce po II wojnie światowej Muzeum Książąt Czartoryskich utraciło status muzeum prywatnego przechodząc pod opiekę Państwa i w roku 1950 zostało włączone do krakowskiego Muzeum Narodowego pod nową nazwą „Zbiory Czartoryskich”.
W 1991 r. powołana została do życia Fundacja Książąt Czartoryskich przy Muzeum Narodowym w Krakowie, przywrócono też wtedy dawną nazwę Muzeum Książąt Czartoryskich. Założycielem Fundacji był książę Adam Karol Czartoryski, który po zmianie ustrojowej w Polsce w roku 1989 odzyskał tytuł własności do zbiorów.
